环境微生物组学研究中心(Environmental Microbiomics Research Center, EMRC)依托中山大学环境科学与工程学院，于2017年开始组建。EMRC设数据科学实验室、微生物生态学实验室、系统微生物学实验室和环境微生物应用实验室四个核心实验室。中心主要开展微生物组学及相关领域的国际前沿研究，致力推动交叉学科的研究和发展。具体通过解析微生物在土壤、水、大气环境中的作用，阐明其在生物工程中的应用前景；通过合成生态学及系统微生物学等理论调控微生物在环境中的功能；其最终目的是提升环境质量、有效利用资源、保证生态安全、 增强人类健康。